La organización administrativa y financiera, está a cargo de la Fundación Arquidiocesana para la Educación, que agrupa a todos los colegios de la Arquidiócesis de Medellín.

Desde allí, un grupo interdisciplinar trabaja para hacer posible el funcionamiento de la Institución desde todas las áreas necesarias, para brindar una educación de calidad que impacte a los estudiantes, padres de familia y comunidad en general.

El Instituto Vicarial Jesús Maestro cuenta con una Política de Protección de Datos Personales, conforme a la Ley 1581 de 2012.